تواصلت ردود الفعل المنددة بفوز الدكتور سيد القمني علي جائزة الدولة التقديرية في العلوم الاجتماعية ، وما بين الانتقادات النيابية اللاذعة والحرب الشرسة التي جعلت نواب المعارضة داخل مجلس الشعب يهددون باستجواب وزير الثقافة فاروق حسني علي منح الجائزة للقمني انتقلت المعارضة الي الأوساط القضائية حيث شن المستشار أحمد مكي نائب رئيس محكمة النقض هجوما شديدا علي الجائزة والمعايير التي علي أساسها تقرر فوز القمني بها .
وقد وصف مكي حصول القمنى على الجائزة بأنه جريمة بحق الهوية الإسلامية لمصر تستوجب اقالة حكومة وليس فقط إحالة الأمر للقضاء لإلغاء الفوز مطالبا أيضا بمحاسبة صاحب ترشيح القمني الذي أساء كثيرا للإسلام ويكفيه أنه وصف الإسلام بأنه دين مزور اخترعه بنو هاشم للسيطرة على قريش ومكة.
وأبدى المستشار مكي استغرابه من قيام دولة تدعي أن الشريعة الإسلامية هي المصدر الرئيس للتشريع بمنح القمني الجائزة في وقت دأب فيه هذا الأخير على مهاجمة الإسلام والتشكيك في رسالة النبي صلى الله عليه وسلم، مطالبا بضرورة استنهاض همم جميع الشرفاء وبكل الوسائل لسحب هذه الجائزة منه ورد قيمتها المادية البالغ 200 ألف جنيه مطالبا ايضا مجلس الشعب بمساءلة الحكومة برلمانيا عن هذا الفضيحة.
وقد أثارت التصريحات التي أدلي بها الدكتور سيد القمني في الاحتفال الذي عقده منتدى حريات الشرق الأوسط ردود فعل غاضبة بسبب الهجوم الحاد الذي شنه علي منتقدي منحه الجائزة وأكد أن الجائزة لن يكون لها أي تأثير على مواقفه العلمانية وانه لن يتراجع ولو للحظة واحدة عن مطاردة المادة الثانية من الدستور، التي يعتبرها إهانة للدستور، الذى ينبغي أن يكون بمثابة عقد اجتماعي يكتبه المواطنون، دون أن يكون للإسلام أو المسيحية أو أى دين آخر أى شأن به.
وأضاف القمني انه متمسك باصراره على محو خانة الديانة المهينة من البطاقة الشخصية لأن حرية العقيدة شأن شخصي وأي تنازل عنها يخرجنا من مصاف المجتمعات الإنسانية ـ علي حد قوله ـ مشيرا الي أن يده ليست تحت ضرس أحد قائلا " إذا أردنا أى إصلاح لهذا الوطن فعلينا أن نؤمن جميعا بأن دور الكنيسة والجامع لابد أن ينحصر داخل المجال الدينى وبناء الضمير والإشارة إلى طريق الجنة، على ألا يتحركا خارج هذا المجال ويقحما نفسيهما فى السياسة".
وكان وزير الثقافة الدكتور فاروق حسني قد وصف منتقدي القمني بأنهم "جهلاء"، ويطلقون "تخاريف"، وذلك على خلفية مطالبات برلمانية وشعبية ودينية بسحب الجائزة من القمني، والتي حصل عليها جراء كتاباته، التي توصف بأنها تهاجم الإسلام ورموزه.
واتهم حسني أصحاب التيارات المنادية بسحب الوزارة الجائزة من القمني بأن "أمثال هؤلاء يجهلون نظام المجلس الأعلى للثقافة وقوانين الجوائز، وأنهم إذا كانوا يطالبون بالديمقراطية، فلماذا يرفضونها، في مثل هذه الحالة"، وذلك في إشارة منه إلى أن الجوائز خضعت لعملية اقتراع ديمقراطية.
ووصف من يردد غير ذلك بأنهم يرددون "خرافات"، "وأن هذا الترديد لا يخرج سوى عن جهل بالمنظمة الدولية، فضلاً عن جهل بإجراءات المجلس ولوائحه، فيما يتعلق بمنح الجوائز".
